Kehadiran SMP IT dan SMA IT Al Binaa Putra merupakan asset penting bagi bangsa Indonesia dalam membawa dan mengarahkan para anak didik kepada pendidikan Islam yang lebih sempurna dalam konteks misi “risalah dakwah“ disamping menambah jumlah sekolah unggulan yang menerapkan system internat (Boarding), Dalam usianya yang masih relatif dini, Al Binaa terus melakukan terobosan dan langkah konstruktif, pembenahan dan pengembangan yang kompetitif terus selalu ditingkatkan guna mensejajarkan diri dengan lembaga-lembaga pendidikan bermutu lainnya. Serangkaian aktifitas dan perlombaan siswa baik akademik maupun non-akademik sejak tahun 2004 sampai saat ini telah banyak menuai hasil yang positif dan cukup mengharumkan nama baik Al Binaa di arena dunia pendidikan baik nasional maupun internasional.
Adalah jenjang SMP yang pertama kali dirintis oleh Al Binaa di awal tahun pelajaran 2004/2005 dengan nama SMP IT Al Binaa dan hanya khusus bagi laki-laki saja.
Sistim penerimaan santri baru Al Binaa adalah hanya untuk jenjang SMP. Dimana setiap tahunnya hanya dibuka bagi mereka yang sudah lulus atau sedang duduk di SD kelas 6 pada saat diterima menjadi santri baru Al Binaa.
Untuk SMA IT Al Binaa memiliki sistem penerimaan yang agak berbeda/unik, dimana syarat untuk masuk SMA IT Al Binaa, santri harus berasal dari SMP IT Al Binaa, sehingga tidak melakukan penerimaan santri baru tingkat SMA dari luar, selain itu santri yang melanjutkan ke SMA IT Al Binaa tidak lagi dipungut biaya uang masuk Awal yang biasanya dilakukan saat penerimaan santri baru tingkat SMA.